Según la leyenda, los Incas se convirtieron en un poderoso clan tras la migración de sus fundadores desde la región de Tiahuanaco. Concretamente, Manco Cápac y Mama Ocllo dejaron el Lago Titicaca para fundar la capital de su civilización, por pedido de su dios, el Sol. Muchos gobernantes o “Incas” sucedieron a los fundadores y el Imperio Inca se expandió notablemente.
El Imperio era una teocracia, organizada por castas y gobernada por un Inca, que era venerado como una divinidad. Los historiadores dividen a los Incas que llegaron al poder en dos períodos: el Imperio Legendario o Mítico (de 1200 a 1410) y el Imperio Histórico (de 1438 a 1532). En 1533, mientras los dos últimos Incas se disputaban el trono del imperio, los conquistadores españoles llegaron a Centroamérica y se apoderaron de los territorios desde Tumbes hasta Cusco.
El Imperio Inca tuvo una vida breve. En 1430 el reino comprendía poco más que el valle fluvial alrededor de Cusco. Menos de un siglo después, gracias a las conquistas y a la inteligente asimilación de las mejores cualidades de las sociedades que iba sometiendo, la capital inca Cusco (Qosqo) se convirtió en la ciudad más rica de las Américas, con templos literalmente cubiertos de oro. Hacia 1500, el imperio se extendía desde el Océano Pacífico hasta el este de las cabeceras de los ríos Paraguay y Amazonas, y desde la región donde hoy se levanta Quito (Ecuador) hasta el sur del río Maule, en Chile.
En 1532, en el apogeo de su grandeza, el imperio se vio sacudido por una guerra de sucesión entre dos hermanos, Huáscar y Atahualpa. Francisco Pizarro, que llegó a Perù al frente de los conquistadores españoles precisamente en este momento de tensión, logró con astucia y engaño obtener un encuentro personal con Atahualpa, a quien luego asesinó fríamente, tras haber acumulado una enorme cantidad de oro y plata. A pesar de la tenaz resistencia de los indígenas, Pizarro y sus hombres lograron conquistar Cusco y saquearon la ciudad. Aunque los Incas siguieron luchando durante muchos años, su Imperio ya había terminado y la era de los españoles había comenzado.
Como España era una potencia naval, Lima fue fundada en la costa en 1535. Algunos de los otros pueblos resistieron la colonización, pero al final, gracias al mayor número de hombres, armas y caballos, la conquista se completó.
Todas las rebeliones indígenas que se sucedieron en el tiempo terminaron en fracaso. La primera ocurrió en 1536, cuando Manco Inca logró recuperar casi por completo el control de las regiones montañosas; sin embargo, en 1539 tuvo que retirarse hasta Vilcabamba, en la selva, donde fue asesinado en 1544. Más tarde, en 1572, el Inca Túpac Amaru intentó derrocar a los españoles, pero fracasó y fue ejecutado. Por último, el Inca Túpac Amaru II encabezó una rebelión en 1780 y, tras autoproclamarse gobernante, fue ejecutado brutalmente. Finalmente los criollos (los españoles nacidos en América) formaron un movimiento independentista y en 1821, bajo la guía del General San Martín, proclamaron la independencia del Perù.
El país se enriqueció gracias a las exportaciones de guano y de caucho, aunque fueron negocios de corta duración. Se afianzaron las exportaciones de productos mineros y de bienes de primera necesidad, como el azúcar y el algodón. La riqueza era gestionada por una élite, mientras que la vida de los indígenas en los Andes cambió poco. El siglo pasado estuvo marcado por levantamientos políticos y gobiernos militares, hasta llegar a una guerrilla de corte comunista. Los movimientos revolucionarios más recientes fueron reprimidos, y en la última década el país ha vivido un nivel de prosperidad cada vez mayor.